小儿单纯性甲状腺肿主要是由于缺碘所致，因此坚持长期足够的补碘，就能有效预防小儿单纯性甲状腺肿的发生。
（1）保持心情舒畅，勿郁怒动气。平时要注意补充碘，但不可盲目地补碘，以免出现碘甲亢。
（2）在流行地区内，除改善水源外，主要以食用碘化食盐做集体性预防，用至青春期过后。碘化食盐除有预防作用外，对患者也有一定的治疗作用。
（3）通过碘油肌内注射或食用也有良好预防的效果。