女性在药物流产后B超干净，仍出血，有以下几种原因：
1、可能是宫腔内孕囊已经排出干净，但子宫腔内还有部分剥脱的内膜没有及时的排泄出来，也会出现有出血的情况。
2、也有可能是女性在药流后，没有很好休息或者受凉而导致子宫收缩不良情况，也会有阴道出血情况发生。
因此女性在药物流产后仍出血的情况，如果出血不多就注意适当的休息，多喝偏热性食物，3-5天就会停止。
若女性在药物流产后B超检查宫腔内干净、出血较多的情况下，也可以给予益母草颗粒口服或者缩宫素注射，以促进子宫收缩，宫腔出血的情况就会得到缓解。