毛囊炎是一种局限于毛囊口的化脓性炎症，主要是金黄色葡萄球菌的感染引起的，部分真菌也可以引起真菌性毛囊炎，例如糠秕孢子菌性毛囊炎。因为毛囊炎的病原体可以是真菌，也可以是细菌，所以治疗方面要先明确，如果是真菌感染的要抗真菌治疗，如果是细菌感染的要抗细菌治疗。一般治疗方面，首先毛囊炎的好发原因是皮肤的清洁卫生，皮脂溢出多，就是多油的皮肤，所以日常要清洁皮肤，保持皮肤的干爽，防止外伤，因为搔抓以后可以导致继发的细菌或真菌感染。
其次是外用和口服药物，外用药方面，如果是真菌感染的，外用抗真菌的药物，像硝酸咪康唑、联苯苄唑这样的药膏或擦剂，严重的要口服斯皮仁诺或特比萘芬这一类抗菌药。最常见的还是细菌感染，外用碘伏、碘酊或夫西地酸、莫匹罗星这一类抗生素的软膏，严重的时候口服抗生素，要根据药物的敏感实验选择敏感的抗生素，最主要的是用像头孢类的、青霉素类的、四环素类的，米诺环素或多西环素，也可以结合物理治疗，例如红蓝光照射，还有半导体激光、紫外线、红波，都有促进炎症消退的作用。