停经40天如果盆腔彩超能够确认宫内妊娠，并且妊娠囊的大小符合停经天数，可以进行药物流产。药物流产一般是95%的成功率，药物流产适用于停经7周之内，并且孕囊体积直径小于2cm，没有药物过敏史和药物禁忌症的宫内孕患者，如果符合上述条件并且本人自愿进行药物流产，是对患者损伤最小的一种方式。但是药物流产由于复杂因素比较多，有可能引起流产不全或者稽留流产，以及流产失败的风险，有可能需要再次清宫。另外，药物流产的药物有可能引起恶心、呕吐、腹痛或者头晕等不适症状，需要综合判断情况是否适合。