胆总管结石在堵塞了胆管下端出口的时候，会导致整个胆管的梗阻。另外，胆管下端跟胰管在最后是汇合成一个口，再排入到十二指肠，胆管结石可以同时影响胰管的胰液的排出。每天大概800-1000ml的胆汁，要通过胆管下端排出去，也有将近1000ml的胰液，从胰管下端排出去。
结石的梗阻会导致胆汁和胰液的排出受阻，导致胆管炎和胰腺炎，胆道的压力、胰腺的压力会明显增加。以胆管为例，如果结石堵住了胆管下端排出的路径，每天800-1000ml的胆汁出不去，病人首先是疼痛，其次会出现黄疸，大量的胆汁排不出去会导致梗阻，经过血液吸收，跑到全身的各处，出现巩膜、皮肤黄染、尿色呈浓茶色。
压力升高，胆汁里细菌滋生，会出现高热、寒颤。寒颤实际上就是胆汁里的细菌，因为压力过高进入到血液里形成菌血症，出现寒颤，很快会出现休克，这也是胆管结石严重危害所在。如果堵塞了胰腺，出现胆源性胰腺炎，也是非常严重的疾患，可轻可重。严重的胰腺炎甚至可以在一天之内猝死，这是个非常严重的问题。