治疗骨髓水肿的药物，需要根据具体导致水肿的原因。如果是出现骨髓位置的感染，比如骨髓炎，通常要采取抗感染的治疗，应用青霉素类、头孢类、大环内酯类、喹诺酮类药物，都可以有效的控制症状。
如果有条件，最好去医院进行局部骨髓炎分泌物的培养以及药敏试验，确定对哪种抗生素特别敏感，再进行治疗。如果是由于外伤所导致的局部的无菌性炎症、骨髓水肿，一般要进行炎症部位的抬高，高于心脏水平位置有助于水肿以及炎症的消除。要静脉滴注甘露醇以及地塞米松注射液达到脱水、抗炎的作用，减轻炎性水肿。
可以口服非甾体类消炎止痛药，这个药物能够有效的减轻局部的炎性水肿，减轻疼痛感，比如常用的有尼美舒利、布洛芬、洛索洛芬钠、双氯芬酸钠。可以口服活血化瘀，消肿止痛的中成药，比如活血止痛胶囊、七叶皂苷钠片，这些药物都能够有效的增加局部的血液循环，促进炎性代谢产物的吸收，达到消肿止痛的作用。