在拉肚子过程中出现的肚子疼痛，考虑多是肠痉挛所引起的疼痛，由于各种因素刺激肠道，比如感染性腹泻，在饮食不当或者食物和食物之间相互作用之后而导致的感染性腹泻，各种感染因子会刺激肠道，使肠道进行过度收缩，从而导致拉肚子，在频繁的拉肚子过程中会刺激肠道痉挛而引起疼痛。
另外非感染因素有功能性腹泻，也是由于胃肠道过度蠕动而导致的肠痉挛发生，从而引起疼痛。这种疼痛的治疗主要针对拉肚子原发病进行及早治疗，原发病控制好之后疼痛自然会缓解，疼痛急性发作期可以热水袋热敷肚子缓解疼痛，另外也可以口服一点解痉止痛的药品对症治疗。