巧克力囊肿又叫做卵巢子宫内膜异位囊肿，是子宫内膜异位症的一种病变。在正常情况下，子宫内膜是生长在子宫腔内的，受体内女性激素的影响，每月要脱落一次，形成月经。如果月经期脱落的子宫内膜碎片，随着经血逆流经过输卵管进入到盆腔，种植在卵巢表面或者盆腔的其他部位形成异位的囊肿。异位的子宫内膜也会受性激素的影响，随着月经周期反复脱落出血。如果病变时发生在卵巢上，每次月经期局部都有出血，使卵巢增大，形成里面还有陈旧性积血的囊肿。陈旧性的血呈褐色，黏稠像巧克力一样，所以就叫巧克力囊肿，囊肿可以逐渐增大，有的时候会在经期或者最后发生破裂，但是很少发生恶变。所以巧克力囊肿大部分都是良性的，不排除恶变。