在临床上，感染所导致的发烧，如果找到病原体就应当对因治疗。如果病原体是细菌就要针对性的应用抗生素，这个针对性主要是凭借临床经验。如果有细菌培养加药敏的结果，也可以辅助参考。如果同时确定有病毒感染，也要同时应用抗病毒药物。
因为一些病毒是有针对性的抗病毒药物的，但另一些病毒并没有针对性的抗病毒药物，这时对因治疗可以尝试选择清热解毒类别的中药。另外就是对症治疗，当炎症反应特别明显的时候可以适当使用糖皮质激素。当体温比较高、炎症反应不是特别特别重的时候，可以仅仅使用布洛芬等解热、镇痛、抗炎的药物。
细菌和病毒的混合感染也需要看具体的感染器官，如果导致颅内高压，可以适当的应用甘露醇等脱水药物，如果导致咳嗽、咳痰可以适当的应用化痰、止咳的药物。