同房第二天小腹疼的可能原因有以下几种：
1、性生活过度导致生殖器局部损伤；
2、不洁性生活诱发慢性生殖器炎症发作，如阴道炎、宫颈炎、子宫内膜炎；
3、性伴侣携带病原菌，通过性生活传染导致急性炎症发作；
4、女性本身其他疾病导致，目前明确病因需要结合妇科检查、子宫附件B超、既往详细病史、阴道分泌物检查等辅助检查。
所以如果同房后小腹疼痛，经过安静休息，注意外阴部卫生清洁后依然没有好转或者持续加重，就需要到正规医院妇产科及时进一步检查，明确诊断后遵医嘱、按疗程积极治疗。