免疫抑制剂是应用于自身免疫性疾病的常用药物，种类较多，每种药物的副作用也不一样，常用的免疫抑制剂有：
一、糖皮质激素类药物，如醋酸泼尼松、地塞米松等，常见的副作用就是高血压、高血糖、骨质疏松、消化道溃疡。另外，还会对三大物质代谢产生影响，病人出现满月脸、水牛背的症状。
二、常用的免疫抑制剂还包括环孢素，尤其应用于再生障碍性贫血的治疗，应用环孢素以后，病人可以出现毛发增长、牙龈肿胀，同时对肝功、肾功有明显的毒害作用，需要定期复查肝功、肾功。
三、其他免疫抑制剂还包括长春新碱、环磷酰胺等，具有明显的骨髓抑制作用。长春新碱还有明显的神经末梢副作用，病人应用以后可以出现末梢神经炎，容易引起四肢麻木的症状。