桥本氏甲亢通常能治愈，桥本氏病是自身免疫性的甲状腺疾病，说明免疫系统对于甲状腺的某些成分，像甲状腺球蛋白和甲状腺微粒体不认识，认为是敌人产生了自身防御。自身防御的反应可以造成甲状腺的损伤，大部分的桥本氏甲状腺炎是引起甲状腺功能破坏造成甲减，但是也有发现在桥本氏病的时候出现甲亢的表现。
桥本甲亢有两种情况：一种是甲状腺组织被破坏造成甲状腺激素一过性的进入到血液当中出现了一过性的甲亢，可以表现的跟甲亢一样的高代谢，甲状腺轻度的肿大，但是很少有突眼，同时身体里面也很少出现所谓促甲状腺激素受体抗体；另外一种桥本氏甲亢就是真正的甲亢，就是桥本氏病同时合并的甲状腺合成分泌过量的甲状腺激素引起的甲亢，它的治疗和一过性的桥本氏甲亢不一样。
一过性的桥本甲亢不需要特别的治疗，往往能够痊愈，最后发展成甲减。如果是真正的合成分泌甲状腺激素增多，这样的桥本甲亢就需要使用抗甲状腺的药物来帮忙。抗甲状腺的药物往往见效比较快，控制明显的症状好转，同时也有可能在治疗期间出现药物性的甲减，但是如果能够在医生的指导下合理的用药，疗程能够充足，定期的复查，往往桥本氏甲亢能够治愈。