肠镜检查目前有两种方式，一种是普通的肠镜检查，患者在清醒状态下完成，肠镜检查多长时间，就跟患者的配合程度有很大关系。
如果患者配合的非常到位，对于中到高年资的内镜医师而言，操作的时间大概是10-15分钟不等，低年资的内镜医生花费时间大约在20分钟到半个小时左右。
如果是无痛的肠镜检查，就是患者给了麻药睡着，在熟睡状态下完成肠镜操作，内镜医师操作的时间不会有变化，低年资大概是20分钟到半个小时，高年资大概是10-15分钟。
但是在这期间会出现麻醉后复苏的时间，大约15分钟左右。所以总时间不是很长，而且无痛肠镜的操作性、安全性会更高一些。