甲状腺功能减退症，需要与以下五种疾病进行鉴别：
第一、贫血，甲状腺功能减退症容易误诊为恶性贫血、缺铁性贫血以及失血性贫血等，TSH升高是甲状腺激素降低所致，是原发性甲状腺功能减退症的特征性表现，这是鉴别点。
第二、垂体瘤，T3和T4降低，可以通过超长反馈使下丘脑TRH分泌增加，这就会导致高泌乳素血症、溢乳以及蝶鞍的增大，类似垂体泌乳素瘤，行垂体核磁共振检查可以明确诊断。
第三、心包积液，TSH增高、T3和T4显著降低，是原发性甲状腺功能减退症的主要鉴别点，糖尿病引起的心包积液可以有血糖的升高，细菌性心包炎引起的心包积液可以有细菌感染的特征，例如发热和菌血症等，这有助于鉴别诊断。
第四、低T3综合征，又被称为甲状腺功能正常的病态综合征，是指非甲状腺疾病原因引起的血中T3降低的综合征，严重的全身性疾病、创伤和心理疾病等，都可以导致甲状腺激素水平的改变，它反映了机体内分泌系统对疾病的适应性反应，主要表现为血清总T3和游离T3水平的降低，反T3水平的升高，血清T4、TSH水平正常，疾病的严重程度一般与T3降低的程度呈正相关，严重者也可以出现T4的降低，这是人体的一种自我保护机制。
第五、低T4综合征，与低T3综合症相对应，它也是一种自身的保护机制。