鼻窦炎导致的头痛，主要是由于鼻窦内较多脓液无法通过自然开口排出，或者在排出的过程中导致窦腔内负压，引起的真空性头痛，以及脓液中细菌会分泌较多的内毒素，引起的神经性头痛，所以治疗的基本原则是保持鼻腔鼻窦的通气引流。
急性感染期以药物治疗为主，需要使用抗菌素、黏液促排剂以及短期的鼻腔血管收缩剂，必要时可以将脓液送细菌培养以及做药敏试验，选择最敏感的药物。如果一般症状较重，比如反复的发热、恶心、呕吐等，最好是能够通过静脉途径用药。
对于经过药物治疗效果欠佳的慢性鼻窦炎患者，手术是最佳的治疗方案，手术的目的也是开放鼻窦的自然开口，使脓液顺利的流出。手术以后一定要定期复查和鼻腔用药，这样才能有效的预防复发。