根管治疗后牙疼的原因有：1、扩大针或拔髓针等器械发生折断、堵塞根管，无法进行彻底的根管治疗，容易造成反复肿痛。2、根管糊剂或牙胶尖，超出根尖孔、刺激根尖周组织，引起胀痛。3、牙冠部的充填体存在咬合高点、导致合干扰时，引起咬合疼痛。有时充填物邻面形成悬突，刺激牙龈乳头红肿，产生疼痛。4、髓腔或根管发生侧穿，引起深部细菌感染，导致牙龈肿胀，造成持续钝痛。