目前舌咽神经痛分为原发性舌咽神经痛和继发性舌咽神经痛。所谓继发性舌咽神经痛是指某些桥小脑区及其脉孔区的肿瘤、蛛网膜的粘连、血管性疾病，比如动脉瘤、血管畸形等，或者鼻咽部肿瘤、茎突过长等激惹舌咽神经而引起舌咽神经分部区域的疼痛，称为继发性舌咽神经痛。另外还有一种分型是原发性舌咽神经痛，目前病因并不是十分清楚，可能为神经脱髓鞘所致，导致神经脱髓鞘最常见的原因是椎动脉和小脑后下动脉对舌咽神经及迷走神经一、二支的搏动性压迫所致。