目前认为舌咽神经痛可能为舌咽神经脱髓鞘病变引起的舌咽神经传入冲动与迷走神经之间发生短路的结果，分为原发性舌咽神经痛和继发性舌咽神经痛。所谓原发性舌咽神经痛是指神经脱髓鞘改变，原因不明或者受椎动脉或小脑后下动脉压迫所致的舌咽神经痛。继发性舌咽神经痛通常见于颈静脉孔区、颅底、鼻咽部、扁桃体区的肿瘤或者局部的蛛网膜粘连、动脉瘤等，称之为继发性舌咽神经痛。