巴雷特食管的治疗，主要是控制胃食管反流，消除症状，以及预防和治愈高级别异型增生、早期食管腺癌，治疗方式主要是改变生活方式、药物控制胃食管反流症状、抗炎治疗以及内镜下治疗，必要时进行抗反流手术、食管切除术等外科治疗，常见治疗如下：
一、调节生活方式：抬高床头，睡前三小时不进食，减轻体重，戒烟、酒，避免浓茶、咖啡、巧克力、可乐的摄入，以防食管括约肌松弛而增加患者的反流症状，还可以进食面汤、米粥、牛奶等食物，以保护胃肠黏膜以及纠正食管黏膜的损伤，尽量达到临床治愈。
二、药物治疗：抑酸药可以缓解症状，但不能阻止反流，胃黏膜保护药可以促进胃动力。