醒来咳嗽的厉害大多都是由于气道比较敏感引起，从温暖的环境中起来后受到了冷空气的刺激，就会引起气道的反应性增强，会引起咳嗽的症状，这个时候一般痰液不是很多，只是刺激性的咳嗽。通过一晚上的呼吸，咽喉部位和鼻腔会干燥，也容易引起刺激性的咳嗽。
还有就是由于呼吸道的感染引起，有咽炎、支气管炎、肺炎，晚上睡眠的时候不像白天及时的把痰液排出来，会在气道和咽喉部位聚集，活动一下痰液就会刺激局部的黏膜引起咳嗽，需要把分泌物咳出体外，具体根据情况判断是哪一种原因引起，反复出现的情况下最好先去医院做检查。