单磷酸阿糖腺苷主要是用于疱疹病毒感染，以及巨细胞病毒感染性疾病，主要的有效成分是阿糖腺苷，是一个抗病毒药，属于抗脱氧核糖核酸这一类的抗病毒药。药理作用主要是能够与病毒的脱氧核糖核酸聚合酶相结合，使其活性降低而抑制DNA的合成，从而起到了抗病毒的作用，主要抑制了酶的活性以及病毒DNA的复制，同时还抑制病毒核苷酸还原成酶的活性，从而抑制病毒DNA的合成。
这个药物在临床上主要用于治疗疱疹病毒感染所导致的口炎、皮炎、脑炎，另外也可以用于巨细胞病毒感染。总之，单磷酸阿糖腺苷属于抗病毒药，主要可以用于病毒感染性疾病。