空囊代表胚胎停止发育，胚胎在发育的过程中没有形成卵黄囊、胎芽、胎心及胎儿。空囊的原因有很多，包括胚胎因素、母体因素、父亲因素以及环境因素。
首先是胚胎因素，大多数空囊是胚胎的染色体异常造成。其次是母体因素，母体因素里面母体的全身性疾病，以及生殖器官的异常都可能造成这种情况，比如孕妇在孕早期出现严重的感染、高热或者患者有急慢性肝病、高血压、糖尿病等，都有可能出现空囊。
生殖器官的异常也会影响胚胎发育，还有内分泌原因，例如甲状腺功能减退等。比较少见的是免疫系统异常，包括自身免疫性疾病也可能会出现空囊。
有些父亲的原因可能会出现这种情况，例如精子的染色体异常。还有环境的原因，如孕早期接触过多的放射性物质或者有毒物质，也有可能造成空囊。