TCD是经颅多普勒超声检查，它是通过超声波的检测方法对脑血管和血流进行一定程度的检测。而核磁共振是经过磁场将细胞进行共振，然后释放出能量进行识别，以此来进行头部的检查，这是脑子结构的检查。
核磁共振也可以有血管成像检查，看的是血管的形态而不是血流。所以经颅多普勒超声TCD是看脑血流，核磁共振是看血管的形态，这是两个完全不同的检查手段。