3个月的婴儿睡觉喜欢摇头的原因有很多，最常见的有以下几种：
第一、宝宝缺少维生素D和钙，是宝宝摇头最常见的原因，因为先天性的储备不足且饮食比较单一，肠道内吸收维生素D和钙的酶活性不足，造成维生素D和钙不足。缺少维生素D和钙的宝宝神经肌肉兴奋性增高，尤其是副交感神经兴奋，汗腺分泌旺盛，汗液刺激头皮的末梢神经导致头皮痒，宝宝来回摇头止痒，时间久了会致枕秃。
第二、生理性贫血，一个月后红细胞因为衰老而破坏过多，自己骨髓的造血功能尚不足导致贫血，贫血也导致代谢旺盛，神经兴奋性高而多汗。
第三、头部皮炎，局部皮肤痒，尤其是湿疹多见。