遗传代谢病筛查的费用要根据具体项目而定。新生儿遗传代谢病筛查国家规定筛查项目是苯丙酮糖尿症、葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺乏症、先天性甲状腺功能低下。有部分省份和地区是免费的，还有些地区是需要收费的，费用在90元左右。还有其他项目，如肾上腺皮质增多症检查大概要一百多块，还有遗传代谢病串联质谱筛查收费在3.4百左右。这些都是大部分普通三甲医院的收费，具体费用还是要咨询当地医院。