引起扁桃体炎大多为细菌感染，最好能够使用抗菌素，以青霉素类和头孢菌素类效果最佳，比如阿莫西林克拉维酸钾、头孢氨苄、头孢克肟。如果对于青霉素或头孢菌素过敏的患者，可以选择罗红霉素或阿奇霉素，症状较轻的口服就可以。但是对于合并有明显的全身性症状，如反复的发热、畏寒、腹泻、全身乏力等，最好能够经过静脉途径用药。
同时，适当的全身应用糖皮质激素，有利于控制感染、减轻水肿，也有助于减轻咽喉部的疼痛感觉，必要时结合咽部的细菌培养，选择敏感类的药物。可以多饮水，多休息，多食用蔬菜水果，也能够起到清热解毒、理气化痰的作用。