抗生素的危害包括以下几点：
1、长期应用抗菌药物可以导致肠道菌群紊乱，引发二重感染，包括细菌和真菌的感染。
2、长期应用或者过度应用，没有适应症的应用抗菌药物，可以引发细菌的耐药。
3、抗菌药物都有不同程度的不良反应，比如常见的氨基糖苷类的药物，损伤肾脏，其中链霉素、庆大霉素可以损伤听力，大环内酯类的药物出现肝损伤的几率比较高，四环素类的药物儿童服用可以引起四环素牙，万古霉素可以损伤到肾脏，利奈唑胺有明显的血小板下降的副作用，喹诺酮类以及碳青霉烯类经常出现神经系统的毒性，很多种抗菌药物都有不同程度的副作用。
4、抗生素可以引发过敏，轻者可以表现为过敏性荨麻疹，重者可以出现过敏性休克，应用万古霉素还可以出现红人综合征，所以抗菌药物有利的一面，也有弊的一面，应该有适应症的应用抗菌药物，不主张过度的、非适应症的应用抗菌药物。