重症肌无力的最佳治疗是需要根据患者重症肌无力的分型，以及病情严重程度来决定，介绍如下：
一、单纯眼肌型重症肌无力初始治疗，应该应用胆碱酯酶抑制剂，比如溴吡斯的明口服。个别患者疗效不佳时可以考虑联用糖皮质激素冲击治疗，甚至可以应用免疫抑制剂来减少糖皮质激素的用量，减轻不良反应。
二、全身型重症肌无力，这时单用胆碱酯酶抑制剂已经不能完全改善症状，而且患者发生重症肌无力危象的几率比较高。因此对于全身型重症肌无力患者的最佳治疗，是需要在胆碱酯酶抑制剂的基础上，尽早地联合应用糖皮质激素和免疫抑制剂，比如硫唑嘌呤、环孢菌素、他克莫司、吗替麦考酚酯和利妥昔单抗等等。
三、部分全身型重症肌无力患者，需要给予甲强龙冲击治疗，病情可能会有一过性的加重，甚至要进行气管插管或气管切开。因此这时要非常的注意，可以应用小剂量逐渐递增的方法，增加激素的用量，直到维持用量，以避免患者症状一过性加重。
如果病人伴有胸腺瘤或胸腺增生，应尽早的积极进行胸腺瘤切除手术。如果患者出现了肌无力危象，应尽早进行人工辅助呼吸，包括呼吸机正压通气、气管插管、气管切开。如果出现肌无力危象，应该增加胆碱酯酶抑制剂的剂量。如果是胆碱酯能危象，需要尽快减少或停用胆碱酯酶抑制剂。另外，还可以应用血浆置换和静脉注射丙种球蛋白的方法来治疗重症肌无力。