胃食管反流病的药物治疗，可以应用抑酸剂，如质子泵抑制剂埃索美拉唑，或者钾离子竞争性酸阻滞剂伏诺拉生，是治疗胃食管反流病的首选药物，单剂量治疗无效，可以改为双倍剂量。一种抑酸药无效，可以尝试换用另外一种，疗程为4-8周。质子泵抑制剂和竞争性酸阻滞剂停药后症状复发，或者重度食管炎的患者，需要长期维持治疗。另外还要给予促进胃动力药，如多潘立酮、莫沙必利，以及胃黏膜保护药，如铝碳酸镁、硫糖铝、胶体果胶铋等。
在药物治疗的同时，要给予生活方式的调整。患者睡前三小时不要进食，白天进食后也不要立即卧床，睡觉时抬高床头，避免吸烟、饮酒，以及饮用浓茶、咖啡等，要控制体重。另外，要避免使用降低食管下括约肌压力以及延缓胃排空的药物。