氯雷他定胶囊有副作用，但副作用相对较轻，在每天10mg的推荐剂量下，未见明显的镇静作用。此药及其代谢产物均不宜通过血-脑屏障，一般不会导致瞌睡，但可能出现在乳汁中，服药期间停止哺乳。常见的不良反应有乏力、头痛、嗜睡、口干、胃肠道不适，包括恶心、胃炎。
另外，还会出现过敏反应，如皮疹，罕见的不良反应有脱发、肝功能异常、心动过速及心悸等。氯雷他定属于第二代的抗组胺药物，对外周神经H1受体有高度的选择性，作用强时间长，属长效三环类抗组胺药。竞争性的抑制组胺H1受体，抑制组胺所引起的过敏症状，无明显的抗胆碱和中枢抑制作用。