百日咳是婴儿咳嗽中比较严重的一种，不过随着婴儿出生以后就接种了百日咳疫苗，发病率明显的下降，但是对于百日咳毒素产生的作用机理，其直接的发病机制还不是很清楚，很可能是由于百日咳毒素对机体综合作用的结果。当细菌随着空气飞沫侵入易感者的呼吸道后，细菌的丝状血凝素前黏附于咽喉，以及细支气管黏膜的纤毛上皮表面，继而细菌在局部繁殖，并产生多种毒素，与百日咳外毒素、腺苷酸环化酶等，一起引起上皮细胞纤毛麻痹和细胞变性，使其蛋白合成降低，上皮细胞坏死脱落，就出现了全身的反应。
如果得了百日咳，百日咳是由百日咳杆菌引起的急性呼吸道传染病，临床特点主要是阵发性痉挛性咳嗽，伴有深长的鸡鸣一样的吸气性呼声。如果没有得到及时治疗，病情可以迁延不愈，俗称百日咳。百日咳又传染性很强，常可引起常年的流行。患儿的因为年龄比较小，病情比较重，有些会出现严重的并发症，并发肺炎脑病等，甚至还会引起死亡。