在睡不好觉的时候，如果人出现头疼，是因为植物神经功能紊乱，尤其在失眠的时候睡不好觉的时候，通常因为工作压力过大或学习压力过大，这时就会出现深睡眠时相减少，浅睡眠时相延长。此时容易出现失眠、多梦等情况，大脑细胞并不能够充分的进行代谢，所以这时就会出现头疼，这种情况称之为神经性头疼。在睡不好觉的时候，还会出现短暂性的脑血管缺血性发作，例如椎基底动脉缺血，从而引起脑神经元供血不足，这时也会出现头疼。此时的头疼称之为血管源性头疼，也是因为睡不好觉，引起的短暂性脑血管供血不全而引起的头疼。