双肾窦分离，要根据分离的程度，评估是否需要治疗。如果双侧的分离是一样，这种情况可能是肾外性的肾盂，不需要治疗。如果一侧分离的少，一次分离多，分离多的位置，可能就是有肾脏积水。出现肾脏积水，要做肾脏、输尿管、膀胱的彩超检查，确定分离的程度是什么原因引起的。
最常见的有先天性肾盂输尿管连接部狭窄，也可能是肾盂输尿管结石，或者输尿管狭窄，或者是输尿管外的肿瘤、异位血管、纤维束压迫输尿管导致，也可能是下尿路梗阻导致膀胱有尿潴留，继发性上尿路扩张、积水。如果有这些原因，处理这些原发病就可以将积水解决。