结肠闭锁导致的新生儿肠梗阻临床较少见。结肠闭锁的发病率因涉及胎儿存活率而较难确定。结肠闭锁为总消化道闭锁的1.8%-10.5%，而消化道闭锁的发病率估计在1/1500到1/20000的活产婴儿。