在孩子手足口病初期，多数会有发热表现，故用药主要集中于对症退热处理。对于小儿手足口病，比较明确表现主要是出现发烧和全身皮疹。针对发热，建议正规使用退烧药，可以使用的主要是对乙酰氨基酚和布洛芬两种药物，属于比较安全退热药，可以在病初时体温比较高情况下使用，也要注意多喝水。
除此之外，对于手足口病，皮疹不需要特别用药，只需要观察，等待自行消退就可以。对于手足口病本身，因为从本质上来讲是病毒感染，故对于手足口病，无论是初期还是后期，如果只是病毒感染，多不需要抗病毒处理，只需要等待自然病程，自然病程在一周左右，疾病会自行恢复。当然，有些孩子可能疾病会比较严重，或者在后期会继发细菌感染，这时需要根据情况及时就医，再请医生做相应处理、确认。