肠镜不会导致交叉感染，通常每一个患者做完肠镜以后都要进行消毒。2019年国家颁布了软式内镜的清洗消毒技术规范，在这个规范当中对肠镜的清洗消毒有明文规定。
肠镜清洗消毒一般分为手工清洗消毒和机器清洗消毒，无论是手工清洗消毒还是机械清洗消毒都有严格的程序，每个步骤的时间都有严格要求。
所用的消毒剂浓度要经常检测，达到清洗消毒的水平，常用的高水平的消毒剂有邻苯二甲醛、戊二醛、酸性氧化电位水、过氧乙酸等。在规定的时间内经过充分消毒可以达到高水平消毒。
在医院内部院感部门也会经常不定期检查清洗消毒后的情况，经过如此规范的程序消毒以后，肠镜检查是不会导致交叉感染的。