非淋菌性尿道炎的潜伏期是1-3周，非淋菌性尿道炎最常见的是支原体和衣原体感染，其中衣原体性尿道炎占非淋菌性尿道炎50%以上。其次是解脲支原体感染，还有阴道滴虫、霉菌、病毒等感染引起的非淋菌性尿道炎。
由于在培养时没有发现有革兰氏阴性双球菌，没有培养出普通细菌。所以叫非淋球菌性尿道炎。它的症状会有轻微的尿道刺痒和尿道刺痛，病人会有少许的尿道分泌物，女性病人在宫颈会有白带增多、白带变黄等症状。