治疗乙肝的药物包括抗病毒药物，保肝药物以及抗纤维化的药物。其中重要的治疗是抗病毒治疗。目前抗病毒治疗的药物包括核苷类抗病毒药物以及聚乙二醇干扰素，其中核苷类抗病毒药物包括拉米夫定、阿德福韦酯、替比夫定、恩替卡韦、替诺福韦。核苷类抗病毒药物当中目前首选恩替卡韦和替诺福韦。因为这两种药物具有抑制病毒作用强耐药率低的优势，所以作为首选。另外，可以选择聚乙二醇干扰素抗病毒治疗，但是应用聚乙二醇干扰素治疗在停药半年之内是不可以妊娠的。