流鼻涕两天后咳嗽、有痰，只能说上呼吸道感染好转，但是波及了下呼吸道，因此出现咳嗽、有痰。如果流鼻涕、上呼吸道感染是病毒感染导致，可以不选择抗生素治疗，但是现在出现咳嗽，而且有痰，可能要考虑采用合适的抗感染治疗，只是同样导致咳嗽、咳痰，其支气管感染的病原菌头孢菌素、阿莫西林未必能控制，因此此时盲目选择头孢菌素、阿莫西林，未必能控制咳嗽、有痰。
这种情况下通常要请医生，帮助患者依据咳嗽的严重程度、痰的颜色、痰量的多寡、是否是脓痰进行判断，必要时还要拍胸片、CT，进一步排查是否有肺实质感染的原因，推测、判断导致咳嗽有痰或者肺炎的致病菌，是哪一种类型，采取相应的抗感染治疗，同时还要采取止咳化痰、清热解毒的药物治疗。总而言之，流鼻涕两天后咳嗽、有痰不是好转，而是加重，因为上呼吸道感染已经波及了下呼吸道，值得重视，值得合理地选用抗生素。