肥厚型心肌病根据劳力性呼吸困难的病史、胸骨左缘第3-4肋间，闻及收缩期喷射样杂音以及阳性的超声心动图结果，即可明确诊断。如果超声心动图显示舒张期室间隔厚度达到15mm以上，或者室间隔与心室后壁的比大于1.3，就可以诊断为肥厚性心肌病。如果超声心动图出现SAM征，更有利于诊断。由MR具有无创等特点，也越来越多用于肥厚型心肌病的诊断。磁共振也可以发现室间隔的局限性或普遍性肥厚，也可以发现SAM征，二尖瓣关闭不全等。如果患者有阳性家族史，更有助于诊断，基因检查也有助于诊断。肥厚性心肌病的诊断，需要排除由于左心室负荷增加引起的心室肥厚，比如高血压性心脏病、主动脉瓣狭窄、先天性心脏病等。另外，还要除外异常物质沉积引起的心肌肥厚，比如淀粉样变性、糖原贮积症等，将这些疾病排除以后，即可明确诊断为肥厚型心肌病。如果诊断仍有困难，可行心导管检查、心内膜下活检，一般均可明确诊断。