药物流产不干净的话，治疗的方法要根据残留物的大小和症状决定的，如果残留物比较大超过1cm，并且阴道流血的话是必须要清宫的。如果不清宫，很容易引起大流血，或者宫腔内的感染，出现子宫内膜的粘连，对下次怀孕影响是比较明显的。
如果是残留物比较小在1cm以内，并且没有出血或者是出血很少，暂时可以用药物治疗的，一般口服补佳乐或者是黄体酮，同时应用消炎的药物和益母草膏或者新生化颗粒，促进子宫的收缩。可能在月经干净以后，小的残留物就会流出来。