皮肤真菌感染的治疗，要给予抗真菌药物，可以用外用的抗真菌药，也可以用口服的抗真菌药，甚至静脉注射的抗真菌药。选择什么样的形式、用多长时间以及选择什么样的抗真菌药物治疗，需要看是哪种类型的皮肤真菌感染。
最常见的浅部真菌病，包括足癣、手癣、股癣、体癣，甚至甲癣、头癣，都是浅部真菌病，比较局限的、比较轻的可以外用抗真菌的药膏。但是很广泛的体股癣、甲癣以及头癣，往往需要外用抗真菌的药配合口服抗真菌的药同时使用。还有更加复杂的皮肤真菌感染，就是深部真菌病，必须要做组织真菌的培养确定是哪种真菌的种类，以及对哪种抗真菌药物敏感，然后才可以治疗。