男性尿道口小便时刺痛，伴有流脓则可能的病因：
1、淋病，常常经过不洁的性接触传播而来，属于性病的一种。因感染淋球菌后，会出现淋球菌性的尿道炎。典型的特征就是尿频、尿急、尿痛，排尿时尿道口刺痛，伴尿道口流出黄色的脓性分泌物。需要积极治疗，如不治疗，后期可导致淋球菌性的尿道狭窄，而导致患者排尿困难。需要留取尿道口流出的脓液做细菌涂片检查和培养检查，明确诊断后尽早静脉使用抗生素进行治疗。
2.非淋球菌性尿道炎，见于支原体和衣原体感染后引起，也是性病的一种。它的典型特点也是尿频、尿急、尿道内骚痒、尿道内灼热感、尿道口流出稀薄、黄色或白色的分泌。建议留取分泌物做支原体、衣原体培养，明确诊断后，静脉使用大环内酯类抗生素进行治疗。