慢性肾功能不全酸中毒是否严重，决定于酸中毒的程度。通常情况下，慢性肾功能不全由于肾小管产氨、泌氢的功能低下，代谢性酸中毒的发生率非常高。对于轻中度的代谢性酸中毒，可以通过静脉补碱或者口服碳酸氢钠，使酸中毒得以纠正。
对于严重的代谢性酸中毒，二氧化碳结合力低于10mmol/L以下时，就可能会加重慢性肾脏的病情，尤其会合并心血管系统的并发症，有心衰、心律失常，以及高钾血症、消化道出血等。同时，会加重肾性骨病和肾性骨营养不良的发生，是导致慢性肾功能衰竭死亡的主要原因之一。