松果体手术，在某些情况下也可能会有一定的后遗症的发生。当然如果手术顺利是没有的，其中最常见到的后遗症就是脑积水。在切除的过程当中有可能会伴有出血，堵塞脑脊液正常循环的通路，就会形成急性脑积水，还需要再次手术。
颅内感染的情况、颅内的手术往往都需要放置引流管，而且都是开颅，有创操作，很容易进去细菌，造成颅内的感染，相应神经和血管的损伤，尤其是以大脑内静脉和大脑大静脉的损伤为主，可以造成患者缄默即不说话。
还有的时候通过牵拉枕叶，导致损伤形成同向偏盲。还有的人可能会因为切除组织的不同而造成癫痫，所以一定要注意相应并发症的发生。