双歧杆菌活菌胶囊建议在饭后的15-30分钟服用，在使用双歧杆菌活菌胶囊的时候需要注意，一定要用温水吃药，不要用过热的水服用这个药物，因为如果水温过高，可能会将双歧杆菌活菌杀灭，起不到治疗作用。
另外，在存放双歧杆菌活菌胶囊的时候，建议将药物存放在冰箱冷藏室2-8℃进行保存。在使用双歧杆菌活菌胶囊期间，不能同时使用其他的抗生素或者是抗菌素。
因为这些药物容易将双歧杆菌活菌胶囊杀死，起不到一定的作用，如果必须同时使用，建议最少间隔2-3个小时。