自身免疫性肝炎的临床表现比较没有特异性，绝大部分的患者起病比较隐匿没有任何症状，是因为在体检中发现的指标的异常而被发现。有部分患者出现的症状比较多样，有的表现为长期低热，有的表现为嗜睡和疲劳，有的患者是以恶心、腹胀、厌油、食欲下降类似慢性胃病的表现为主。大约有25%的患者以急性肝病的症状起病，例如见到皮肤巩膜黄染，明显的乏力和较严重的消化道症状。自身免疫性肝炎的诊断主要是靠血清学诊断，而不是靠临床症状来诊断。因此，不能通过是否有临床表现判断是否有自身免疫性肝炎，及判断疾病的轻重。