单纯性后天性获得性肾囊肿，只有囊肿增大超过5cm，或者更大时会引起肾组织受压，而产生明显的腰疼、血尿，以及尿路感染等。另外，个别患者可能会影响肾脏的功能。
先天性多发性肾囊肿的并发症，可以导致慢性肾功能衰竭、尿毒症、高血压、反复的尿路感染，以及囊内出血和感染。通常肾囊肿发生后，需要进行动态观察囊肿的大小，了解其并发症，以便进一步的进行对症处理。