肛瘘有一部分不手术能够治愈。如果肛瘘范围比较小，距离肛门比较近，而且位置也比较浅，这种肛瘘通过局部涂抹药物，口服抗生素治疗，往往可以不手术就能治愈。但是，如果肛瘘是复杂性肛瘘，有2个或者以上的外口，甚至是位置比较深，这种情况的肛瘘，不手术是不能治愈的。
对于复杂性的肛瘘或者高位复杂性肛瘘，最好要选择手术治疗，比如肛瘘切开引流术或者高位复杂性肛瘘切开挂线引流术，而且在术后一定要坚持换药，这样才能够促进手术创面恢复。对于高位复杂性肛瘘，术后复发率比较高，所以，在术后要更加注意保持局部卫生，定期换药，否则，很容易引起肛瘘复发。