治疗肺炎支原体感染大环内酯类抗生素为首选，如罗红霉素、红霉素和阿奇霉素，对大环内酯不敏感者，可以选用呼吸喹诺酮类，如左氧氟沙星、莫西沙星等。
四环素类也可用于肺炎支原体的治疗，疗程一般2-3周，因为肺炎支原体没有细胞壁，青霉素或头孢菌素类抗生素是无效的。肺炎支原体感染主要见于儿童和青少年，在成人中也较常见，支原体肺炎大多症状轻，预后良好，但肺炎支原体感染也可引起严重的双侧肺炎或其他系统的肺外并发症，从而导致死亡，如脑膜炎、脊髓炎、心肌炎、心包炎、免疫性溶血性贫血和肾炎等。